În conformitate cu domeniile de cercetare, Institutul Patrimoniului Cultural este structurat în trei Centre ştiinţifice:
• Centrul Arheologie cu tematica prioritară Arheologia spaţiului Carpato-Nistrean (din cele mai vechi timpuri până în secolul XVIII);
• Centrul Etnologie cu tematica prioritară Etnii şi relaţii interetnice în Republica Moldova;
• Centrul Studiul Artelor cu tematica prioritară Geneza, evoluţia şi tipologia artelor naţionale.
Fiecare dintre aceste Centre include câte două Secţii, care, la rândul lor, constau din câteva Sectoare sau Grupuri tematice specializate.
Lista cercetătorilor ştiinţifici al Institutului la 31.12.2014 pe subdiviziuni. 